清崇德六年(1641)，编设阿巴嘎旗(辖境相当于今阿巴嘎旗西部地区)。清顺治八年(1651)，编设阿巴嘎左旗(辖境包括今阿巴嘎旗东北部和锡林浩特市西部地区)，原阿巴嘎旗称阿巴嘎右旗。两旗均设札萨克，分别管理旗务，隶属锡林郭勒盟。清康熙六年(1667)，编设阿巴嘎纳尔右旗(辖境相当于今阿巴嘎旗东部的狭长地带)，设札萨克管理旗务，隶属锡林郭勒盟。

　　民国初年沿袭清制。民国3年(1914)，上述3旗随锡林郭勒盟划归察哈尔特区管辖。民国17年(1928)，隶属察哈尔省。民国25年(1936)5月12日，旗境在日军操纵下由德穆楚克栋鲁普于化德县成立的伪蒙古军政府强行划入其管辖范围。民国26年(1937)“七七”事变后，察哈尔省沦陷，阿巴嘎左、右旗和阿巴嘎纳尔右旗随锡林郭勒盟隶属伪蒙古联盟自治政府。民国28年(1939)，隶属伪蒙疆联合自治政府。民国34年(1945)8月，日本投降后，上述3旗随锡林郭勒盟复归察哈尔省。